发酵工程教育部重点实验室于2008年经教育部批准立项，依托湖北工业大学建设。实验室坚持“四个面向”，遵循绿色发展理念，针对生物发酵和生物医药产业现状及问题，聚焦发酵食品、生物药物等国家重大需求，研究发酵工程领域重大产品共性及关键技术中的基础理论及机理、食品发酵产业产品技术升级及工艺改造和生物制药产业前沿课题研究及新产品开发。通过产学研深度融合，实验室持续为区域经济高质量发展和社会进步提供科技支撑与人才保障。

实验室实行学术委员会指导下的主任负责制。中国科学院院士邓子新教授担任实验室学术委员会主任，国家高层次青年人才计划入选者周梦舟教授担任实验室主任。实验室秉承“打造优秀学术队伍、建设一流科研平台、强化学科研究特色、服务地方区域经济”的建设宗旨，积极整合国内科研优势资源，形成了以“微生物与绿色制造、生物资源与代谢调控、蛋白质与生物制药”为代表的研究方向，建立了以“顶层设计－资源聚合－动态优化”为主体的运行机制。

实验室现有固定研究人员90人，教授36人，副教授36人，其中国家级人才6人，省级人才55人。实验室有省级教学团队1个，湖北省自然科学基金创新群体5个，湖北省高等院校优秀中青年科技创新团队6个。

实验室始终立足应用基础研究的核心定位，肩负推动生物发酵产业科技进步、促进技术创新与成果转化、深化国内外学术交流合作、优化学科布局与人才培养体系的多重使命，现已成为我国发酵工程领域具有重要影响力的研究基地。